子宮內(nèi)膜異位癥容易與以下疾病混淆：

一、子宮肌瘤：子宮肌瘤常表現(xiàn)類似癥狀。一般子宮內(nèi)膜異位癥痛經(jīng)較重，為繼發(fā)漸進。子宮一致性脹大，但不甚大如伴發(fā)其他部位異位內(nèi)膜時，則有助于鑒別。確實困難者可試用藥物治療如癥狀迅速（用藥1～2個月）改善，診斷傾向于子宮內(nèi)膜異位癥。應當指出子宮腺肌病可與子宮肌瘤同時存在（約10%）。一般術前較難鑒別，須待手術切除子宮的病理檢查。

二、附件炎： 卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，往往誤診為附件炎癥。二者都能在盆腔形成有壓痛的固著包塊但子宮內(nèi)膜異位癥病人無急性感染病史，患者多經(jīng)各種抗炎治療而毫無效果。并應詳細詢問痛經(jīng)開始時期及疼痛程度這種病例往往子宮直腸窩處有異位內(nèi)膜結節(jié)，如仔細檢查當可查出，有助診斷必要時可用藥物試探治療，觀察有無療效來鑒別。一般在卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥輸卵管往往通暢。因此可試用輸卵管通水試驗，如通暢則可排除輸卵管炎癥。

三、卵巢惡性腫瘤： 卵巢癌誤診為卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，則延誤治療，故必須慎重卵巢癌不一定有腹痛癥狀，如有往往也為持續(xù)性，不像子宮內(nèi)膜異位癥的周期性腹痛檢查時卵巢癌為實質(zhì)感，表面凹凸不平，體積亦較大卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥還可能伴發(fā)其他部位的子宮內(nèi)膜異位癥，而兼有各該部位病變的體征。對于不能鑒別的患者年齡大的應實行剖腹探查，年紀輕的可短時按子宮內(nèi)膜異位癥治療，以觀察療效。

四、直腸癌： 當子宮內(nèi)膜異位癥侵犯直腸、乙狀結腸而范圍較廣時，往往在該處形成硬塊造成部分梗阻，個別情況異位子宮內(nèi)膜侵及腸粘膜引起出血，則更似直腸癌但直腸癌的發(fā)生率遠較腸子宮內(nèi)膜異位癥的發(fā)生率高。一般直腸癌患者體重減輕明顯，腸出血較頻與月經(jīng)無關，無痛經(jīng)。肛診時腫瘤固定于腸壁腸壁四周皆狹窄。鋇灌腸可見腸粘膜不平，鋇充盈不良范圍小乙狀結腸鏡檢查看到潰瘍，出血，活檢可確診腸子宮內(nèi)膜異位癥體重不減輕，腸很少出血，個別出血也在月經(jīng)期發(fā)生痛經(jīng)較重。肛診時粘膜與其底部腫塊不相粘連，僅前壁發(fā)硬鋇灌腸顯示腸粘膜光滑，鋇充盈不良范圍廣。