雖然已經(jīng)確診的克羅恩病的自發(fā)性緩解或通過內(nèi)科治療可長期無癥狀，但它很少被治愈，相反具有周期性惡化的特征。如果未實(shí)行手術(shù)，病變不會(huì)超出其第一次診斷時(shí)的初始分布而向小腸新的部位擴(kuò)展。經(jīng)過明智的內(nèi)科治療以及適當(dāng)?shù)耐饪浦委?，大多?shù)克羅恩病患者能很好地活動(dòng)和成功地適應(yīng)生活。疾病相關(guān)的死亡率很低，而且持續(xù)下降。

　　胃腸道腫瘤，包括結(jié)腸和小腸腫瘤，是引起克羅恩病相關(guān)性死亡的最主要的原因。長期患小腸克羅恩病的患者發(fā)生小腸癌的危險(xiǎn)性增高，這種腸癌可發(fā)生于病變連續(xù)的腸道，也可發(fā)生于旁路腸袢。而且，結(jié)腸克羅恩病患者有發(fā)生結(jié)腸直腸癌的長期危險(xiǎn)性；若病變范圍和病程相同，其發(fā)生結(jié)腸直腸癌的危險(xiǎn)性與潰瘍性結(jié)腸炎相同。

　　約70%克羅恩病患者最終需行手術(shù)治療。而且，即使切除所有臨床上明顯的病損，克羅恩病還可能復(fù)發(fā)。