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最常見的感染途徑是上行性感染，細菌經(jīng)尿道口上行到膀胱，乃至腎盂引起感染，血行感染為細菌從體內(nèi)的感染灶侵入血流，到達腎臟引起感染，此種途徑少見。直接感染機會罕見，淋巴道感染尚不支持。急性腎盂腎炎的病因主要由于大腸埃希菌感染而引起的，其次為變形桿菌。革蘭氏陽性球菌，尤其是凝固酶陽性葡萄球菌、金黃色葡萄球菌和腸球菌偶爾亦引起急性腎盂腎炎。葡萄球菌可通過血液途徑侵入腎臟引起菌尿癥和腎膿腫。偶為真菌、原蟲、衣原體或病毒感染。有些大腸桿菌表面有鞭毛，稱作粘附素，可與宿主尿路上皮表面的受體結(jié)合。這類細菌非常易于引起尿路的感染，且毒性很強。慢性腎盂腎炎致病菌與急性腎盂腎炎相似，可由急性轉(zhuǎn)為慢性。嬰幼兒腎臟發(fā)育不完全，當發(fā)生尿路感染時易導致此病。有些成人患者為幼年時代的腎盂腎炎逐漸演變而來。最嚴重的腎瘢痕發(fā)生于有腎內(nèi)返流的患者。有報告—些慢性期病灶和腎疤痕組織中，存在某些病原體的抗原成分，有些還可尋到免疫復合物沉積，結(jié)合致病菌有抗體包裹以及腎組織中有淋巴細胞和單核細胞浸潤等事實，表明發(fā)病機理中存在著免疫反應性損害。