導(dǎo)致生殖器皰疹的致病菌是單純皰疹病毒，即HSV，人類是皰疹病毒的唯一宿主，導(dǎo)致生殖器皰疹的通常以HSV-2為主。生殖器皰疹病毒存在于肌膚和粘膜危害的滲出液、前列腺排泄液、宮頸、陰道排泄液中，主要通過性行為感染。初次感染導(dǎo)致原發(fā)性生殖器皰疹。

口腔或口腔周圍患有皰疹的人，可通過口腔和生殖器觸摸，使對方感染生殖器皰疹。由于有感染性的病毒能在濕潤的環(huán)境中存活數(shù)小時，因此單純皰疹也可通過污染物而直接傳播。由于生殖器皰疹在埋伏中也有感染性，所以會讓人在不知不覺變成皰疹的的傳播者和受害者。

原發(fā)性生殖器皰疹消退后，殘存的病毒經(jīng)周圍神經(jīng)沿神經(jīng)軸長時間潛存于骶神經(jīng)節(jié)，當(dāng)機體抵抗力下降或某些激起要素如發(fā)熱、受涼、感染、例假、胃腸功能失調(diào)、傷口等作用下，可使體內(nèi)埋伏的病毒激活而復(fù)發(fā)。

此外，患生殖器皰疹的母親，在臨產(chǎn)過程中，通過產(chǎn)道可將病毒直接感染給新生兒，或懷孕過程中患病，當(dāng)機體抵抗力低時，病毒可通過胎盤傳給胎兒。某些要素如心情激動、發(fā)熱、例假來潮、性行為等，使埋伏于神經(jīng)節(jié)內(nèi)的病毒活化后沿周圍神經(jīng)下行至表皮細(xì)胞導(dǎo)致部分病損。