生殖器皰疹由單純皰疹病毒（HSV）感染所引起。單純皰疹病毒分為兩型即HSVI和HSVII。HSVI通過呼吸道、皮膚和粘膜密切接觸傳染，主要引起口唇、咽、眼及皮膚感染，少數(shù)（約10%）亦可引起生殖器皰疹，多由口交引起。生殖器皰疹主由單純皰疹病毒II（HSVII）引起。

HSV-1感染與HSV要-2感染： 原發(fā)性生殖器皰疹感染者為HSV-1型，經(jīng)過一定的靜止時期，繼而復(fù)發(fā)病變?yōu)镠SV-2型，形成周期性復(fù)發(fā)。每次發(fā)作的病程也較短，不用藥通常7天左右也可消退，繼而再犯，發(fā)熱、精神創(chuàng)傷、酗酒、食物及藥物都有可能導(dǎo)致加快復(fù)發(fā)的時間。

HSV-1主要引起口唇皰疹，咽炎，角膜結(jié)膜炎和散發(fā)性腦炎，而HSV-2感染主要引起生殖器皰疹，但在臨床上也有相反情況。生殖器皰疹是一種普遍的性疾病，因為生殖器皰疹在潛伏期中也有傳染性，所以會讓人在不知不覺的情形下成為皰疹的傳播者和受害者。

人生殖器皰疹的傳染源是患者及亞臨床無癥狀的帶病毒者，尤其是在患者的生殖器皮膚或粘膜的皰疹內(nèi)含有單純皰疹病毒，可通過性接觸而傳染給配偶或其他性伴侶，也可在同性戀者中互相傳染。有時在口腔或口腔周圍患有皰疹的人，可通過口腔-生殖器性交，使對方傳染生殖器皰疹。