首先會出現指甲增厚，真菌侵入甲板或甲床后，甲板中的角質物受到真菌的作用而高度增殖，角質物的堆積使甲板增厚。甲板的增厚又加重了混濁，它可以比正常甲板厚出2～3倍以上。

指甲變色，甲板或甲板下的真菌積聚，真菌的菌絲或孢子本身可以有顏色。病變、增厚的甲板也可呈現顏色。甲板下病甲處角質物脫落，可進入臟物，污物呈現顏色。甲板破壞，碎屑脫落后也令甲板呈現顏色。灰指甲的癥狀可呈污灰色，褐色，白色，黃色，黑色等。

指甲表面凹凸不平，由于甲板或甲板下有角質物堆積，同時甲板又被破壞，使甲板表面粗糙，凹凸不平，失去光澤。這種凹凸不平既為縱向，也可以為橫向。

同時也可以理解到灰指甲的癥狀主要病變在甲板下。指甲甲板變脆易碎，由于真菌侵入甲板和甲床，在角質溶解酶的作用下，角質蛋白被溶解，形成角質細小顆粒，被破壞的甲板缺乏彈性和韌性而變脆，角質顆粒呈粉末狀易于脫落、松散而變得碎雜。