先天性屬于睪丸發(fā)育不全。當患性器官幼稚、垂體功能減退等癥時，兩側睪丸常常發(fā)育不全。如果胚胎發(fā)育過程中發(fā)生異常而造成睪丸下降不全或隱睪時，由于腹腔內(nèi)溫度高于陰囊內(nèi)溫度，故而患側睪丸均發(fā)育不全。

后天性睪丸萎縮多由于創(chuàng)傷、睪丸疾患及感染所引起。睪丸受到閉合性外傷，可造成睪丸出血及梗死。鐵釘、鐵絲等銳器也可刺傷睪丸。外傷還能引起精索扭轉而阻礙血液供應，并危及睪丸的存活。故睪丸損傷應及早治療。

某些疾病，如精索靜脈曲張，有時也可造成睪丸萎縮、男性精索里的靜脈因某種原因所致的回流受阻，可發(fā)生蔓狀盤曲擴張，稱精索靜脈曲張。在男性不育癥中，有精索靜脈曲張的，約占15%～20%。嚴重的精索靜脈曲張不育者的睪丸一般多有萎縮現(xiàn)象。睪丸萎縮的原因可能是精索靜脈的郁滯、陰囊溫度較正常人為高、睪丸營養(yǎng)障礙以及毒素等原因所致。

感染也是引起睪丸萎縮的重要原因。最常見的是腮腺炎可引起病毒性睪丸炎。若在青春期以后發(fā)病，腮腺炎并發(fā)的睪丸炎可引起嚴重的局部炎性反應。其鞘膜腔內(nèi)可有過量液體蓄積，即急性鞘膜積液。天花、水痘、麻疹、流行性感冒及其它類似感染，偶爾也可引起繼發(fā)性睪丸炎。