女性尿道綜合征是指有尿頻、尿急、尿痛等癥狀，但膀胱和尿道檢查無明顯器質性病變的一組非特異性癥候群多見于已婚勱的中青年女性常由于尿道外口解剖異常（如小陰唇融合、尿道處女膜融合、處女膜傘等）、尿道遠端梗阻泌尿系感染以及局部化學性機械性刺激等因素所引起。 尿道綜合征的病因假說很多，均無具有說服力的證據，主要有以下幾種學說：

（1）感染：常規(guī)尿培養(yǎng)不能判斷厭氧菌、溶尿素菌、衣原體及其他需要特殊培養(yǎng)的微生物，清潔中段尿細菌培養(yǎng)陰性不能否定尿路存在感染，故有些學者支持感染說。需特殊培養(yǎng)基的微生物主要指乳酸桿菌、鏈球菌、白喉桿菌等，棲生于外生殖道，是條件致病菌。有學者將正常人與尿道綜合征患者尿中的該類微生物進行了比較，結果是數量上沒有差異；另外，用敏感抗生素治療尿道綜合征無效。因此，感染并非尿道綜合征的直接原因。

（2）尿道梗阻：早期許多學者認為，尿道綜合征的病因是尿道狹窄，報道在尿道擴張后有明顯改善，然而，尿道狹窄沒有認同的標準，組織上沒有可重復的證據。近年來，有人認為，尿道口的解剖學異常引起尿流梗阻，可采取手術矯正的方法，但療效并不令人滿意。

（3）神經功能異常：有些學者認為，尿道外括約肌痙攣是尿道綜合征的病因，指出壞的排尿習慣和多種功能異常導致排尿過程中尿道協同開放機制喪失，最終致尿道綜合征。Price指出尿道神經分支被增厚的纖維組織包繞致異常的Barrington’s Ⅱ反射逐漸形成尿道綜合征。纖維組織增生可由損傷、感染、X線照射引起。