小兒皰疹性咽峽炎，根據(jù)急性發(fā)熱起病，口腔有丘疹水皰性損害及培養(yǎng)出柯薩奇或埃可病毒即可診斷。它與一些口腔有水皰的病毒性疾病鑒別。小兒皰疹性咽峽炎的鑒別診斷包括皰疹性口腔炎（特點(diǎn)為任何一直季節(jié)均可發(fā)病，呈現(xiàn)更大的持續(xù)更久的潰瘍）。復(fù)發(fā)多啦性口瘡和Bednar口瘡（很少發(fā)生于咽部，一般無全身癥狀）柯薩奇A組型病毒也會(huì)引起類似病變（淋巴結(jié)性咽炎）。但口咽部損害突出，呈現(xiàn)白色到黃色小結(jié)。

小兒皰疹性咽峽炎的檢查：臨床表現(xiàn)為不同程度的發(fā)熱，咽痛，重者影響吞咽功能，但不影響發(fā)聲。患兒可伴惡心、嘔吐與咳嗽等癥狀。查體可見咽部出血，有數(shù)個(gè)灰白色的小皰疹，直徑約為1~2cm，周圍有紅暈。皰疹多分散存在，主要分布于咽腭弓邊緣。皰疹可破潰，破潰后形成黃色潰瘍。根據(jù)查體所見，診斷小兒皰疹性咽炎并不十分困難，難在皰疹未顯現(xiàn)之前易被誤診為普通感冒或咽炎，對此要提高警惕，加強(qiáng)觀察。可根據(jù)癥狀和特征性口腔損害作明確出診斷。最好通過從損害處分離到病毒或通過特征性抗體滴度升高加以證實(shí)。但這些監(jiān)督檢查并不推薦常規(guī)采用。