1、中毒性腸麻痹：當原發(fā)病為腹瀉或敗血癥時，易將壞死性小腸結腸炎誤診為中毒性腸麻痹，但后者無便血，X線片上無腸壁間積氣等。

2、機械性腸梗阻：X線腹平片上液平面的跨度較大，腸壁較薄，無腸壁間隙增寬模糊，無腸壁積氣，再結合臨床不難區(qū)別。

3、腸扭轉：此時機械性腸梗阻癥狀重，嘔吐頻繁，腹部X線平片示十二指腸梗阻影像，腹部陰影密度均勻增深，并存在不規(guī)則多形氣體影，無明顯充氣擴張的腸曲。

4、先天性巨結腸：有腹脹，X線片上有小腸、結腸充氣影，需與早期壞死性小腸結腸炎鑒別。前者有便秘史，無血便，X線片動態(tài)觀察無腸壁積氣征。

5、新生兒出血癥：生后2～5天出現，可以胃腸道出血為主，需鑒別。本病有生后未給予維生素K注射史，無腹脹，X線片也無腸道充氣和腸壁積氣，維生素K治療有效。

6、自發(fā)性胃穿孔：多由于先天性胃壁肌層缺損引起，常見于胃大彎近賁門處。病兒生后3～5天突然進行性腹脹，伴嘔吐、呼吸困難和發(fā)紺，X線平片腹部僅見氣腹，無腸壁積氣或腸管脹氣。