1、囊內(nèi)出血：最多見的并發(fā)癥是囊內(nèi)出血，臨床表現(xiàn)為突然劇烈的腹痛及囊腫增大，這種并發(fā)癥幾乎均見于50歲以上的婦女，但極少數(shù)病人腹痛則較為輕微，甚至沒有，出血時超聲下觀察到囊內(nèi)容物呈流動性。

2、囊腫破裂或感染：囊腫破裂，囊內(nèi)并發(fā)感染時，尚可出現(xiàn)寒戰(zhàn)，高熱；壓迫十二指腸尚可形成內(nèi)瘺；門脈高壓等，

3、囊腫蒂扭轉(zhuǎn)：可引起劇烈腹痛。

4、癌變：報道了3例肝囊腫壁上發(fā)生癌變，指出如果發(fā)現(xiàn)囊腫內(nèi)容混濁，囊壁有不規(guī)則結(jié)節(jié)時應(yīng)警惕惡性變的問題。

5、其他：另外多發(fā)性囊腫尚可合并膽管狹窄，膽管炎。