判斷乙肝轉陰的指標主要有乙肝e抗原（HBeAg）、乙肝病毒DNA及乙肝表面抗原（HBsAg），具體如下：

1、乙肝病毒DNA：乙肝病毒DNA是判定乙肝病毒在體內復制狀況的指標，乙肝抗病毒治療的臨床痊愈標準，主要是乙肝病毒DNA檢查轉陰。

2、HBeAg：e抗原的存在表示乙肝病毒在體內大量的復制，并具有較強的傳染性，是乙肝大三陽的重要標志，所以HBeAg陰轉也是乙肝大三陽轉陰指標之一。

3、HBsAg：HBsAg是感染乙肝病毒的標志，這也是乙肝患者最期盼的轉陰指標，但是目前是很困難的，如果檢查乙肝表面抗原指標轉陰，就表示乙肝患者完全痊愈的標準，體內沒有乙肝病毒存在。目前完全痊愈很難，但是乙肝大三陽經過抗病毒治療達到臨床治愈還是比較容易的。