目前最有效的乙肝治療方法是抗病毒、免疫調節(jié)，是改善肝功能和阻止肝硬化，而不是刻意追求病毒陰轉。不少乙肝患者，在治療上花費了大量的時間和金錢，但療效并不明顯到目前為止，應用于肝病治療的藥物和療法雖然很多，但效果卻差強人意，這是為什么呢？

1、持久抑制或清除病毒，使肝炎病變緩解，防止肝硬化乃至肝癌的發(fā)生。

2、降低或消除傳染性，即阻止肝病的蔓延。乙肝難治的主要原因有以下幾個方面：

①免疫耐受。母嬰垂直傳播與嬰幼兒水平傳播為我國HBV的主要感染特點。嬰幼兒的機體免疫系統發(fā)育與HBV感染、復制相伴隨，待免疫系統成熟后，會誤將HBV認為是自身成分而難以發(fā)揮排斥清除反應。這是我國慢性乙肝難治療的重要原因。

②病毒多處存在。乙肝病毒為泛嗜性病毒，可在肝臟、膽管上皮細胞、胰腺、淋巴細胞等組織和細胞中存在和復制。抗病毒藥物較易清除血中的HBV（乙肝病毒），而組織細胞中的HBV則不易被清除或清除較晚，成為復發(fā)的重要原因。

③基因變異。傳統上認為，病毒轉陰（如大三陽轉為小三陽）是病毒復制減弱、傳染性降低、病情好轉的標志。但最新研究表明，即使大三陽轉為小三陽，只要乙肝病毒脫氧核糖核酸（HBV-DNA）為陽性，就可能預示著乙肝病毒已發(fā)生變異。這種變異說明，病毒仍復制活躍，仍有傳染性。而且e抗原（HBeAg）不能表達，表示病毒不易被清除，易致慢性化發(fā)展。更糟的是，這種變異株對抗病毒治療不敏感，表現為復發(fā)率高、遠期療效不佳。