第一、子宮肌瘤常的表現(xiàn)類似癥狀一般子宮內(nèi)膜異位癥痛經(jīng)較重，為繼發(fā)、漸進。子宮一致性脹大，但不甚大。如伴發(fā)其他部位異位內(nèi)膜時，則有助于鑒別。確實困難者可試用藥物治療，如癥狀迅速的（用藥1～2個月）改善，診斷傾向于子宮內(nèi)膜異位癥。應當指出，子宮腺肌病可與子宮肌瘤同時的存在（約10%）。一般術(shù)前較難鑒別，須待手術(shù)切除子宮的病理檢查。

第二、卵巢癌誤診為卵巢子宮內(nèi)膜異位癥，則延誤治療，故必須慎重。卵巢癌不一定有腹痛癥狀，如有往往也為持續(xù)性，不像子宮內(nèi)膜異位癥的周期性腹痛的。檢查時卵巢癌為實質(zhì)感，表面凹凸不平，體積亦較大。卵巢子宮內(nèi)膜異位癥還可能伴發(fā)其他部位的子宮內(nèi)膜異位癥，而兼有各該部位病變的體征。對于不能鑒別的患者，年齡大的應實行剖腹探查，年紀輕的可短時按子宮內(nèi)膜異位癥的治療，以觀察療效。

第三、卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，往往誤診為附件炎癥。二者都能夠在盆腔形成有壓痛的固著包塊。但子宮內(nèi)膜異位癥病人無急性感染病史，患者多經(jīng)各種抗炎治療而毫無效果。并應詳細的詢問痛經(jīng)開始時期及疼痛程度。這種病例往往子宮直腸窩處有異位內(nèi)膜結(jié)節(jié)，如仔細檢查當可查出，有助診斷。必要時可用藥物試探治療，觀察有無療效來鑒別。一般在卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，輸卵管往往通暢。因此可試用輸卵管通水試驗，如通暢，則可排除輸卵管炎癥。