1、附件炎。往往誤診為附件炎癥。二者都能在盆腔形成有壓痛的固著包塊。但子宮內(nèi)膜異位癥病人無(wú)急性感染病史，患者多經(jīng)各種抗炎治療而毫無(wú)效果。并應(yīng)詳細(xì)詢(xún)問(wèn)痛經(jīng)開(kāi)始時(shí)期及疼痛程度。這種病例往往子宮直腸窩處有異位內(nèi)膜結(jié)節(jié)，如仔細(xì)檢查當(dāng)可查出，有助診斷。必要時(shí)可用藥物試探治療，觀(guān)察有無(wú)療效來(lái)鑒別。一般在卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，輸卵管往往通暢。因此可試用輸卵管通水試驗(yàn)，如通暢，則可排除輸卵管炎癥。

2、子宮肌瘤。一般子宮內(nèi)膜異位癥痛經(jīng)較重，為繼發(fā)、漸進(jìn)。子宮一致性脹大，但不甚大。如伴發(fā)其他部位異位內(nèi)膜時(shí)，則有助于鑒別。確實(shí)困難者可試用藥物治療，如癥狀迅速（用藥1～2個(gè)月）改善，診斷傾向于子宮內(nèi)膜異位癥。應(yīng)當(dāng)指出，子宮腺肌病可與子宮肌瘤同時(shí)存在（約10%）。一般術(shù)前較難鑒別，須待手術(shù)切除子宮的病理檢查。

3、卵巢癌。卵巢癌不一定有腹痛癥狀，如有往往也為持續(xù)性，不像子宮內(nèi)膜異位癥的周期性腹痛。檢查時(shí)卵巢癌為實(shí)質(zhì)感，表面凹凸不平，體積亦較大。卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥還可能伴發(fā)其他部位的子宮內(nèi)膜異位癥，而兼有各該部位病變的體征。對(duì)于不能鑒別的患者，年齡大的應(yīng)實(shí)行剖腹探查，年紀(jì)輕的可短時(shí)按子宮內(nèi)膜異位癥治療，以觀(guān)察療效。

4、直腸癌。當(dāng)子宮內(nèi)膜異位癥侵犯直腸、乙狀結(jié)腸而范圍較廣時(shí)，往往在該處形成硬塊，造成部分梗阻，個(gè)別情況異位子宮內(nèi)膜侵及腸粘膜引起出血，則更似直腸癌。但直腸癌的發(fā)生率遠(yuǎn)較腸子宮內(nèi)膜異位癥的發(fā)生率高。