子宮內(nèi)膜異位癥最常發(fā)生在一側(cè)或雙側(cè)的卵巢。其次為子宮直腸窩和盆腔腹膜等。異位在卵巢的子宮內(nèi)膜，因?yàn)闆]有自然引流的通路，會(huì)在卵巢局部形成一個(gè)內(nèi)容物為月經(jīng)血的囊性腫物，稱為子宮內(nèi)膜異位囊腫。內(nèi)容物為棕紅色、黏稠狀，外觀似巧克力糊，故又稱巧克力囊腫。大小一般在 3cm～10cm。發(fā)生在其他部位的內(nèi)膜異位癥，多形成點(diǎn)、片狀的表淺病灶或1cm～3cm大的結(jié)節(jié)。

患者一般有規(guī)律的月經(jīng)周期，但有的表現(xiàn)為月經(jīng)量增多或經(jīng)期延長。子宮內(nèi)膜異位癥可表現(xiàn)有痛經(jīng)。下腹痛和墜脹感往往從經(jīng)前開始，持續(xù)時(shí)間長短不等，但隨著時(shí)間推移，可呈進(jìn)行性加重，但也有約1/3的患者沒有痛經(jīng)。有無痛經(jīng)、痛經(jīng)的程度一般不取決于病變的大小，而與病變所在的部位有關(guān)。