1、子宮肌瘤：子宮肌瘤常表現(xiàn)類似癥狀。一般子宮內(nèi)膜異位癥痛經(jīng)較重，為繼發(fā)、漸進(jìn)。子宮一致性脹大，但不甚大。如伴發(fā)其他部位異位內(nèi)膜時(shí)，則有助于鑒別。確實(shí)困難者可試用藥物治療，如癥狀迅速（用藥1～2個(gè)月）改善，診斷傾向于子宮內(nèi)膜異位癥。應(yīng)當(dāng)指出，子宮腺肌病可與子宮肌瘤同時(shí)存在（約10%）。一般術(shù)前較難鑒別，須待手術(shù)切除子宮的病理檢查。

2、附件炎：卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，往往誤診為附件炎癥。二者都能在盆腔形成有壓痛的固著包塊。但子宮內(nèi)膜異位癥病人無急性感染病史，患者多經(jīng)各種抗炎治療而毫無效果。并應(yīng)詳細(xì)詢問痛經(jīng)開始時(shí)期及疼痛程度。這種病例往往子宮直腸窩處有異位內(nèi)膜結(jié)節(jié)，如仔細(xì)檢查當(dāng)可查出，有助診斷。必要時(shí)可用藥物試探治療，觀察有無療效來鑒別。一般在卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，輸卵管往往通暢。因此可試用輸卵管通水試驗(yàn)，如通暢，則可排除輸卵管炎癥。

3、卵巢惡性腫瘤：卵巢癌誤診為卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥，則延誤治療，故必須慎重。卵巢癌不一定有腹痛癥狀，如有往往也為持續(xù)性，不像子宮內(nèi)膜異位癥的周期性腹痛。檢查時(shí)卵巢癌為實(shí)質(zhì)感，表面凹凸不平，體積亦較大。卵巢的子宮內(nèi)膜異位癥還可能伴發(fā)其他部位的子宮內(nèi)膜異位癥，而兼有各該部位病變的體征。對(duì)于不能鑒別的患者，年齡大的應(yīng)實(shí)行剖腹探查，年紀(jì)輕的可短時(shí)按子宮內(nèi)膜異位癥治療，以觀察療效。

4、直腸癌：當(dāng)子宮內(nèi)膜異位癥侵犯直腸、乙狀結(jié)腸而范圍較廣時(shí)，往往在該處形成硬塊，造成部分梗阻，個(gè)別情況異位子宮內(nèi)膜侵及腸粘膜引起出血，則更似直腸癌。但直腸癌的發(fā)生率遠(yuǎn)較腸子宮內(nèi)膜異位癥的發(fā)生率高。一般直腸癌患者體重減輕明顯，腸出血較頻，與月經(jīng)無關(guān)，經(jīng)。肛診時(shí)腫瘤固定于腸壁，腸壁四周皆狹窄。鋇灌腸可見腸粘膜不平，鋇充盈不良范圍小。乙狀結(jié)腸鏡檢查看到潰瘍，出血，活檢可確診。腸子宮內(nèi)膜異位癥體重不減輕，腸很少出血，個(gè)別出血也在月經(jīng)期發(fā)生，痛經(jīng)較重。肛診時(shí)粘膜與其底部腫塊不相粘連，僅前壁發(fā)硬。鋇灌腸顯示腸粘膜光滑，鋇充盈不良范圍廣。