本癥的病理變化特點是異位的子宮內(nèi)膜有受雌激素的影響，發(fā)生反復周期性出血從而導致病灶周圍組織纖維化，最后形成結(jié)節(jié)或包塊。切開包塊及結(jié)節(jié)，可見陳舊性出血及癱痕，鏡檢可見子宮內(nèi)膜腺體及間質(zhì)在盆腔子宮內(nèi)膜異位中，卵巢是子宮內(nèi)膜異位癥最常見的位置。

如病變僅限于卵巢表層，可見到大小不等的囊腫。囊腫可以是單側(cè)，也可以是雙側(cè)的，最大的可大于10cm直徑，在囊腫中含有褐色糊狀液體，故也稱卵巢巧克力囊腫。

囊腫表面常有出血或破損，以致整個囊腫與鄰近器官發(fā)生粘連，并固定于闊韌帶后葉，或嵌入子宮直腸陷凹內(nèi)。此外子宮直腸陷凹部腹膜及子宮既骨韌帶亦是常發(fā)生的部位，病變部位呈紫褐色出血點或小結(jié)節(jié)。鏡下則可見到異位的子宮內(nèi)膜腺體及間質(zhì)組織。

由于子宮內(nèi)膜周期性增生、剝脫、出血的"本性"難改， 因此，在移位處仍每月反復出血，越積越多，相互粘連，結(jié)為一硬塊，形成"子宮內(nèi)膜瘤"。異位在卵巢的內(nèi)膜，周期性出血、積聚形成含巧克力樣液的腫物---醫(yī)學上叫"卵巢巧克力囊腫"。這較大的巧克力囊腫被認為來源于卵泡或黃體囊腫的間變。也可能是卵巢表面異位內(nèi)膜向下生長的結(jié)果。