1、潛伏期：1~4周，病人有疲勞、感冒等抵抗力下降、不潔的性生活史。

2、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長時(shí)間不排尿（如晨起）尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有時(shí)僅表現(xiàn)為晨起痂膜封住尿道口或污染內(nèi)褲。檢查時(shí)，需由后向前按擠前尿道才可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時(shí)病人有癥狀無分泌物，也可無癥狀而有分泌物。

3、急性期尿道口紅腫，有尿道分泌液，開始為粘液性，以后轉(zhuǎn)為膿性。尿道粘膜彌漫性充血、水腫，有時(shí)形成潰瘍。

4、如果一次小便先后解在三只玻璃杯中，第一杯呈渾濁狀態(tài)，而第二、第三杯小便卻呈清晰狀態(tài)，那就說明是前尿道炎；假如第三杯小便呈渾濁狀態(tài)，第一、第二杯呈清晰狀態(tài)，則說明是后尿道炎。

5、起病不如淋病淋病急，癥拖延，時(shí)輕時(shí)重，但比淋病輕。約50%的病人有尿痛、尿道癢等癥狀。初診時(shí)很易被漏診。女性非淋菌性尿道炎更輕，無尿痛或輕微尿痛，可出現(xiàn)少量分泌物。有時(shí)宮頸也有炎癥或糜爛，宮頸分泌物中有多數(shù)分葉型白細(xì)胞（高倍鏡下每視野超過10個(gè)）。

6、極少數(shù)病人可伴發(fā)綜合征：尿道炎、關(guān)節(jié)炎、角膜炎、結(jié)合膜炎及皮疹。

7、排尿時(shí)尿道有燒灼痛，尿頻、尿急、恥骨上區(qū)以及會(huì)陰部位有一陣陣的疼痛，尿道部位按壓痛。

8、常與淋病同時(shí)感染。前者先出現(xiàn)淋病癥狀，經(jīng)抗淋病治療后，淋球菌被青霉素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周后發(fā)病。臨床上很易被誤認(rèn)為淋病未治愈或復(fù)發(fā)。

9、尿道炎進(jìn)入慢性期后癥狀減輕，尿道分泌物減少，呈稀薄漿液狀態(tài)，但尿道有刺痛感覺或者排尿不舒適感覺。

10、尿檢時(shí)有紅細(xì)胞和白細(xì)胞，少數(shù)有肉眼可看見的血尿，尿道分泌物呈陽性，經(jīng)培養(yǎng)后找到致病細(xì)菌。