大多數(shù)子宮內(nèi)膜異位癥患者的主要癥狀是繼發(fā)性痛經(jīng)，伴下腹部和背部進行性疼痛，?？煞派渲镣炔俊Ｌ弁闯Ｓ谠陆?jīng)1-2天開始。相當于異位子宮內(nèi)膜出血時，月經(jīng)開始達到最高峰。大多數(shù)患者在行經(jīng)期疼痛可緩解。

子宮內(nèi)膜異位癥晚期患者中，尤其是當盆腔有廣泛和明顯粘連時疼痛可持續(xù)存在。典型的繼發(fā)痛經(jīng)患者年齡多在30-45歲之間。有的子宮內(nèi)膜異位病灶導(dǎo)致子宮后傾。固定的患者常有性感不快、痛，甚至困難，約三分之一原因不明的不孕與子宮內(nèi)膜異位癥有關(guān)。

子宮內(nèi)膜異位癥患者的不孕率可高達40%。重度子宮內(nèi)膜異位患者不孕的原因可能與解剖結(jié)構(gòu)的改變有關(guān)。輕度子宮內(nèi)膜異位癥患者不孕的原因決非單純解剖因素所致，現(xiàn)多以為與腹腔內(nèi)微環(huán)境因素、卵巢功能異常等有關(guān)。