正常育齡婦女，在內分泌激素的作用下，陰道上皮細胞增生，其表層細胞含有豐富的糖原，非常有利于兼氧乳酸桿菌的生長，這種細菌占陰道的90%以上，這種乳酸桿菌大量存在，就抑制了其他致病菌的生長，在陰道形成了一個正常的生態(tài)平衡。

當人體雌激素水平下降，導致陰道上皮萎縮，細胞糖原減少，不利于乳酸桿菌生長，大量使用抗生素或用堿性液體過度沖洗陰道，抑制乳酸桿菌的生長，性亂，性交頻繁（因精液pH為7.2-7.8）等導致致病性厭氧菌和加特納菌大量繁殖，引起陰道微生物生態(tài)平衡失調，兼氧性乳酸桿菌減少，最終導致細菌性陰道病。

由于厭氧菌產生的脫羧酶，可激發(fā)加特納菌產生某種氨基酸，產生揮發(fā)性胺類，釋放出難聞的魚腥臭味，胺類使pH值升高，又抑制乳酸桿菌繁殖，粘附有細菌的陰道表皮細胞脫落，使陰道分泌物增加，從而導致本病，由于菌群紊亂，陰道炎癥并不明顯，分泌物中白細胞減少，因此稱細菌性陰道病比陰道炎更恰當。