位于腎外層的結(jié)核結(jié)節(jié)常是多發(fā)性的，大部分能逐漸吸收自行痊愈；亦可呈慢性潛伏狀態(tài)，直到機(jī)體抵抗力降低情況下，泌尿系結(jié)核的病灶乘虛而擴(kuò)大、融合，發(fā)生干酪壞死及空洞形成。病變可直接侵襲蔓延或通過淋巴管播散到腎內(nèi)層，進(jìn)而與腎盂腎盞相通。此時(shí)出現(xiàn)泌尿系癥狀，稱為臨床腎結(jié)核。但臨床腎結(jié)核85%為單側(cè)性。一般從初染至臨床腎結(jié)核，間隔約2～20年，平均8年。因此臨床腎結(jié)核在嬰幼兒甚少見，一組53例腎結(jié)核住院病孩中.10歲以上者占60%，筆者曾見一例輸尿管結(jié)核并不全梗阻患兒年僅2歲。

泌尿系結(jié)核的結(jié)核性空洞一般在腎乳頭處破潰入侵腎盞，干酪壞死物及結(jié)核菌在下行過程中，可致腎盂、輸尿管、膀胱等產(chǎn)生結(jié)核病變。多發(fā)性的粘膜潰瘍及纖維性變，可致輸尿管口徑變窄及膀胱攣縮，兩者均可致膀胱輸尿管反流，進(jìn)一步加重病腎的破壞。對(duì)側(cè)腎輸尿管開口處結(jié)核可導(dǎo)致該腎積水。同時(shí)可發(fā)生上行性感染，使對(duì)側(cè)腎受犯，但少見。晚期病例全腎充滿膿液和干酪樣物質(zhì)，腎被膜破潰后形成周圍結(jié)核性寒性膿腫。少數(shù)病例腎功能逐漸喪失，輸尿管閉塞，全腎廣泛鈣化，混有干酪物質(zhì)，此時(shí)膀胱的繼發(fā)結(jié)核病變反見好轉(zhuǎn)，甚至癥狀消失，稱為“腎白截”，但腎內(nèi)病灶仍然潛在，并非痊愈。

膀胱結(jié)核初期是充血、水腫、散在的黃色結(jié)核結(jié)節(jié)形成，繼而融合成片狀潰瘍、肉芽腫、纖維化。嚴(yán)重的膀胱結(jié)核可穿透至陰道或直腸形成瘺道。繼發(fā)尿道結(jié)核可致尿道狹窄排尿困難，但少見。半數(shù)患者可并發(fā)生殖系結(jié)核，附睪結(jié)核最為多見。

泌尿系結(jié)核可并發(fā)非特異性感染。