厭氧菌感染在很多方面不同于其他細菌，它們在身體內含氧很低的地方生長繁殖(如腸道)以及壞死組織中，特別是深部和內臟的傷口處。這些部分其他細菌無法生存，機體的防御功能不易發(fā)揮作用。

　　預防厭氧菌感染，要做到及時處理感染使之在擴散前被局限于特定的部位可以預防嚴重的厭氧菌感染。仔細地清潔傷口，清除異物和早期開始抗生素治療是有效的預防措施。在腹部外科手術前后及手術時靜注抗生素被用于厭氧菌感染的預防。

　　盡可能防止發(fā)生降低組織氧化-還原電勢的情況。防止體內正常厭氧菌群：或體外厭氧菌引入傷口、閉合空腔等。對外傷傷口應盡快徹底清創(chuàng)，去除異物和無效腔，重建良好的血供;腹部貫穿性外傷，尤其是累及結腸時，有預防應用抗生素的指征。慢性病灶如慢性中耳炎、鼻竇炎、乳突炎應予積極治療，以預防顱內厭氧菌感染。體弱、神志不清或有吞咽困難者，進食時應注意防止吸入。有瓣膜病變的心臟病患者行牙科、口腔手術時應予預防性抗菌治療，為預防產后敗血癥應注意胎膜早破、產程延長和產后出血的處理。