慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的病因為自身免疫性疾病，可能在遺傳易感性基礎上出現(xiàn)免疫監(jiān)視缺陷，造成免疫功能紊亂。因此，對于引發(fā)慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，公認的意見是自身免疫性缺陷，與遺傳的易感基因和環(huán)境因素有關。易感基因包括細胞毒性淋巴細胞抗原-4（CTLA-4）、TSHR和甲狀球蛋白（TG）基因；環(huán)境因素包括感染和膳食中過量的碘化物。

本病為自身免疫性疾病，可能在遺傳易感性基礎上出現(xiàn)免疫監(jiān)視缺陷，造成免疫功能紊亂?；颊唧w內存在多種自身抗體，常見有TGAb和TMAb。其他可有甲狀腺生長阻滯抗體、甲狀腺生長刺激抗體等。此外，還有細胞免疫異常，甲狀腺組織中大量淋巴細胞，漿細胞浸潤，抑制性T細胞功能降低，導致B細胞向漿細胞分化產(chǎn)生抗甲狀腺球蛋白抗體（TGAb），通過抗體依賴性細胞介導的細胞毒作用導致甲狀腺細胞破壞，可伴隨其他自身免疫性疾病，如惡性貧血、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風濕性關節(jié)炎、腎上腺皮質功能不全、糖尿病和Graves病等。

另外，慢性淋巴細胞性甲狀腺炎由于有家族聚集現(xiàn)象，常在同一家族的幾代人中發(fā)生，并常合并其他的自身免疫性疾病，如惡性貧血、糖尿病、腎上腺功能不全等，故認為CLT是環(huán)境因素和遺傳因素共同作用的結果。環(huán)境因素的影響主要包括感染和膳食中過量的碘化物。近年來，較多的研究表明，易感基因在發(fā)病中起一定作用。

遺傳因素和環(huán)境因素相互作用引發(fā)疾病發(fā)生，但確切的發(fā)病機制仍不明了。病理特點除甲狀腺腫大外，突出的甲狀腺病理必有明顯的淋巴細胞浸潤，甲狀腺內可形成具有生發(fā)中心的淋巴濾泡，隨著病情的進展，破壞的甲狀腺濾泡被纖維組織取代。