亞急性甲狀腺炎有多種治療措施，包括硫脲類(lèi)藥、促甲狀腺激素及抑制劑量的甲狀腺激素。采用這些藥物影響疾病過(guò)程的證據(jù)尚不能令人認(rèn)同。

治療包括兩方面：減輕局部癥狀和針對(duì)甲狀腺功能異常影響。一般來(lái)說(shuō)，大多數(shù)病人僅對(duì)癥處理即可。對(duì)輕型病例采用阿司匹林或其他止痛藥。如用對(duì)乙酰胺基酚或用水楊酸鹽可控制癥狀；病情嚴(yán)重病例，如疼痛、發(fā)熱明顯者可短期用其他非類(lèi)固醇抗炎藥，或應(yīng)用糖皮質(zhì)類(lèi)固醇激素，如潑尼松，可迅速緩解臨床表現(xiàn)，約有5%的患者需用皮質(zhì)激素來(lái)減輕癥狀，持續(xù)用藥1～2周甚或4～8周以后減少藥量，共用6～8周。如病人在用潑尼松24～48h無(wú)反應(yīng)，亞急性甲狀腺炎的診斷應(yīng)再評(píng)定。在治療中隨查血沉改變，可指導(dǎo)用藥如病情需要，再次開(kāi)始用潑尼松仍然有效，然而皮質(zhì)激素并不會(huì)影響本病的自然過(guò)程，如果皮質(zhì)激素用后撤減藥量過(guò)多、過(guò)快，反而會(huì)使病情加重。

如果糖皮質(zhì)激素連續(xù)使用，所用劑量以使病人不出現(xiàn)癥狀，直至其放射性碘攝取率恢復(fù)正常，可能避免病情復(fù)發(fā)病人伴有甲狀腺功能亢進(jìn)時(shí)一般不采用抗甲狀腺藥治療，通常采用非特異的藥物，如口服阻滯劑普萘洛爾。因本病伴甲亢是暫時(shí)的，且甲狀腺攝碘率低不是放射碘治療的指征。這些藥破壞甲狀腺激素的合成，但亞急性甲狀腺炎血中過(guò)多的甲狀腺激素是來(lái)源于被破壞了的濾泡漏出的T4和T3，而不是由于合成和分泌增多所致，無(wú)需使用硫脲類(lèi)抗甲狀腺藥。本病的甲減期也常是暫時(shí)的，通常甲減癥狀不多，所以不需甲狀腺激素替代治療，此時(shí)TSH分泌增加對(duì)甲狀腺功能的恢復(fù)是重要的。除非病人甲減癥狀明顯，甲狀腺激素治療應(yīng)當(dāng)禁忌。伴甲減病情輕者無(wú)需處理。但也有人主張有甲狀腺功能低減時(shí)，可用甲狀腺制劑如L-型甲狀腺素鈉，可防止由TSH升高引起的病情再度加重。病情較重者，可用甲狀腺激素替代一段時(shí)間。約有10%的患者可發(fā)生永久性甲狀腺功能低減，需要長(zhǎng)期甲狀腺替代治療有稱(chēng)中藥對(duì)本病急性期有較好的治療效果。

腎上腺糖類(lèi)皮質(zhì)激素對(duì)本病有顯著效果，用藥1～2天內(nèi)發(fā)熱和甲狀腺疼痛往往迅速緩解，一周后甲狀腺常顯著縮小。開(kāi)始時(shí)可給強(qiáng)的松，每日3、4次，每次10mg，連用1～2周，以后逐步每周遞減5mg/d，全程1～2月，停藥后，如有復(fù)發(fā)，可以強(qiáng)的松再治，并可加用甲狀腺片劑，尤其有甲減者，每天可用40～120mg，幾個(gè)月后，漸而停用。鎮(zhèn)痛退熱如消炎痛等藥物，對(duì)本病也有效。