1、遺傳因素：部分患兒與遺傳因素有關(guān)，遺傳因素對孤獨癥的作用已趨于明確，患本病的兒童同胞中有2%～6%患本病，單卵雙生子同病率高達36%。

2、腦器質(zhì)性損害：如產(chǎn)傷、宮內(nèi)窒息、中毒、感染等，15%～50%的患兒伴癲癇發(fā)作、腦電圖異常、腦CT、磁共振有非特異性改變。有的伴有神經(jīng)系統(tǒng)體征、軀體畸形等。先天性風疹病毒感染、巨細胞病毒感染均可能與孤獨癥發(fā)病有關(guān)。

3、免疫功能異常：具有免疫功能的淋巴細胞數(shù)量減少，活性減低，抵抗感染的功能下降。

4、神經(jīng)內(nèi)分泌和神經(jīng)遞質(zhì)：兒童行為與神經(jīng)遞質(zhì)密切相關(guān)。有研究資料，認為中樞神經(jīng)系統(tǒng)5-羥色胺和（或）多巴胺活性下降。伴有下丘腦功能障礙則可產(chǎn)生孤獨癥。也有認為本癥表現(xiàn)孤獨、與別人建立不起感情等癥狀是因腦內(nèi)啡呔類物質(zhì)的神經(jīng)遞質(zhì)作用異常所致。

5、認知缺陷因素：有人提出了認知功能與社會功能相關(guān)的學說，認為心理認知缺陷損害了孤獨癥患兒對他人精神狀態(tài)的理解能力，導致社會交往能力的缺乏，甚至對待人就像對待無生命的物體，常錯誤理解別人有意識的行為。

6、多種病因：許多研究表明、孤獨癥常與某些疾病同時存在，如脆性X綜合征、結(jié)節(jié)性硬化、肌營養(yǎng)不良、先天性風疹、苯丙酮尿癥以及瞟呤代謝病等，故認為孤獨癥是一個多種病因的神經(jīng)綜合征。

由此可見，許多學者從不同的角度探討孤獨癥的原因，也有少數(shù)做到某些生物學基礎(chǔ)，但導致孤獨癥病因的性質(zhì)，目前還不大清楚，有待研究闡明。雖然對小兒自閉癥發(fā)病原因的研究尚沒有實質(zhì)性的突破。但那種認為自閉癥是由于后天環(huán)境原因所致的說法已被否定。目前一致認為患兒腦部的損傷在出生前或產(chǎn)程中就已經(jīng)發(fā)生了。